Rainer Merkl war von 2004 bis zu seiner Emeritierung im Jahr 2020 Professor für Bioinformatik am Lehrstuhl Biochemie II der Universität Regensburg. Nach seiner Promotion in Göttingen im Fach Genetik habilitierte er sich in Regensburg für das Fach Bioinformatik. Rainer Merkl war am Max Planck Institut für Biochemie, Martinsried und der Universität Göttingen tätig. Neben seiner Lehrtätigkeit in Regensburg für Biologen und Biochemiker bildete er an der Fernuniversität Hagen viele Jahre lang Informatiker im Fach Bioinformatik aus.