Gerhard Wegner studierte Evangelische Theologie in Göttingen und Nairobi und war Pastor in Celle. Ab 1991 war er als Oberkirchenrat im Landeskirchenamt der Ev. Luth. Landeskirche Hannovers beschäftigt. Es folgten Tätigkeiten als Gründungssekretär der Hanns-Lilje-Stiftung und als Beauftragter der Ev. Kirche für die EXPO 2000. 2005 wurde er Direktor des Sozialwissenschaftlichen Instituts der EKD. Seit 2019 ist er im Ruhestand, blieb aber bis 2023 Vorsitzender der Niedersächsischen Erwachsenenbildung. Seit 2023 ist er Niedersächsischer Landesbeauftragter gegen Antisemitismus.